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Beim dritten und letzten operativen Schritt wird auch die untere Hohlvene in Form eines Tunnels mit der Lungenschlagader verbunden. Diese Operation wird auch als totale cavopulmonale Anastomose (TCPC) bezeichnet. Jetzt fließt das gesamte venöse Blut der Lunge zu und Körperkreislauf und Lungenkreislauf sind völlig voneinander getrennt. Dementsprechend ist die Hautfarbe der Kinder nun rosig. Man spricht nach dem Namen ihres Erfinders auch von einer „Fontan-Zirkulation“. Entsprechend befindet sich das Kind nach Anschluss der oberen Hohlvene an die Lungenschlagader in einer Hemifontan-Zirkulation (einem „Hemifontan“).
Da die Lunge beispielsweise in Belastungssituationen noch nicht ausreichend an die veränderten Kreislaufverhältnisse angepasst ist, wird in dem durch den Vorhof ziehenden Tunnel ein Loch (auch Fenster genannt) als eine Art „Überlaufventil“ belassen. So kann das Blut, welches bei Anstieg des Druckes in der Lunge (z.B. beim Schreien) nur verzögert durch die Lungengefäße abfließen kann, über das bestehende Loch abgepresst werden. Dies führt je nach Inanspruchnahme dieser Kurzschlussverbindung noch zu wechselnd ausgeprägter rosiger oder bläulicher Hautfarbe. Bei den meisten Kindern liegt das Sättigungsniveau aber über 90 %.
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